Zdaniem gdańskiego Biura Lustracyjnego, naukowiec współpracował ze Służbą Bezpieczeństwa jako tajny współpracownik o pseudonimie „Lek”. Miał zostać zarejestrowany w marcu 1988 r. „na zasadzie dobrowolności” (od kwietnia 1987 r. był kandydatem na tajnego współpracownika). Współpraca miała zakończyć się w styczniu 1990 r. Nie zachowała się teczka pracy TW „Leka” ani jego zobowiązanie do współpracy, a funkcjonariusz, który go zwerbował, nie żyje.

Jednak dokumenty, jakie odnaleziono w archiwum IPN, pozwalają –na taki wniosek do sądu. Prof. Ceynowa, nazywany w mediach autorem „fortelu antylustracyjnego”, proponował w 2007 r. (podczas obowiązywania poprzedniej ustawy lustracyjnej), by profesorów zobowiązanych do składania oświadczeń na ich życzenie pozbawiać funkcji i „przekwalifikować” na asystentów. Ci bowiem oświadczeń lustracyjnych składać nie musieli. Ceynowa twierdził jednak, że nie jest przeciwnikiem lustracji, nie odpowiadała mu natomiast forma, jaką przewidywały obowiązujące w 2007 r. przepisy.

Naukowiec zaprzecza współpracy z SB. Wytoczył też proces tygodnikowi „Wprost”, który w 2007 r. napisał, że jako TW „Lek” brał udział w inwigilacji przez SB obcokrajowców przyjeżdżających do Gdańska. Ceynowa potwierdza jedynie, że organizował spotkania zagranicznych gości na uniwersytecie, niektórych przyjmował w domu, a – jako anglista – kilka razy był w biurze Lecha Wałęsy, gdzie podczas wizyty cudzoziemca pełnił rolę tłumacza.